La FAMEDA est administrée par un Comité Directeur qui a pour mission de promouvoir, de coordonner et d'orienter les actions fédérales. Il est plus spécialement chargé des relations extérieures, notamment avec les pouvoirs publics et le Ministre chargé des Sports, et de prendre toutes mesures administratives utiles au bon fonctionnement fédéral.